Η Apple παραδέχεται ότι μικρός αριθμός iPhone 5s έχει κατασκευαστικό πρόβλημα και η μπαταρία του είτε αδειάζει γρηγορότερα είτε καθυστερεί να φορτίσει πλήρως. H Teresa Brewer εκπρόσωπος της Apple δήλωσε ότι η εταιρεία έχει αναγνωρίσει τις «προβληματικές» παρτίδες και βρίσκεται σε επικοινωνία με όσους τις έχουν προμηθευτεί ώστε να τις αντικαταστήσει.
Σύμφωνα με την Apple η μπαταρία του iPhone 5s έχει διάρκεια ζωής 250 ώρες σε standby ή 10 ώρες ομιλίας με σύνδεση 3G ή 10 ώρες αναπαραγωγής βίντεο ή 40 ώρες αναπαραγωγής μουσικής με μια πλήρη φόρτιση.