Σημαντική ήταν η κατάθεση του Παναγιώτη Στυλιανίδη, προϊστάμενου του Τομέα Έργων του Υπουργείου Άμυνας , στη δίκη για τη φονική έκρηξη στο Μαρί. Ήταν, υποστήριξε, εντολή από το προεδρικό, το επικίνδυνο φορτίο να παραμείνει στο Μαρί.
Το υπουργείο Άμυνας, υποστήριξε, δεν μπορούσε να προχωρήσει σε εκποίηση του φορτίου του πλοίου, που δεν ανήκαν σε αυτό .Έπρεπε να δοθεί άδεια. Ο ίδιος είχε οριστεί υπεύθυνος του υπουργείου για το θέμα , δεν είχε , όμως, οποιαδήποτε επαφή με το Υπουργείο Εξωτερικών αλλά οι διάφορες επιστολές κοινοποιούνταν και στο ΥΠΕΞ. Βάση του νόμου για δημόσια εκποίηση υλικών που κατάσχονται από την Κυπριακή Δημοκρατία δεν εμπλέκεται άλλος φορέας εκτός από την Υπηρεσία Τελωνείων και το υπουργείο Εξωτερικών. Αναφερόμενος στη σύσκεψη στο Αυγούστου 2009 , ο μάρτυρας είπε ότι ο Διευθυντής της ΔΥΠ Συνταγματάρχης Γεωργιάδης και ο ΓΔ του ΥΠΑΜ Πέτρος Καρεκλάς τόνιζαν τον κίνδυνο από την υπαίθρια φύλαξη των εμπορευματοκιβωτίων .Τότε μπήκε στην αίθουσα ο ΓΔ του ΥΠΕΞ Νίκος Αιμιλίου και είπε «τι συζητάτε ρε παιδιά. Αφού υπάρχει απόφαση από το Προεδρικό ότι θα παραμείνει στη ναυτική βάση στο Μαρί». Ο Γενικός Εισαγγελέας , κατά τον μάρτυρα, είπε εκνευρισμένος «γιατί μας μαζέψατε τότε όλους τους υψηλόβαθμους για να μας πείτε ότι τα πράγματα θα μείνουν ως έχουν; Ήταν ανάγκη να μας φέρετε εδώ και να χάσουμε το χρόνο μας;»
Ο Παναγιώτης Στυλιανίδης, υποστήριξε ότι ο υπουργός Άμυνας ήταν ανήσυχος και πανικοβλημένος γιατί υπήρχε ένα διογκωμένο εμπορευματοκιβώτιο στη ναυτική βάση στο Μαρί. Το ίδιο ανήσυχος ήταν και συνταγματάρχης Γεωργιάδης.