Το Υπουργείο Εξωτερικών δεν είχε ρόλο στην τοποθεσία και στον τρόπο φύλαξης του φορτίου στη ναυτική βάση στο Μαρί… η υπόθεση «είχε εξόχως πολιτική χροιά επειδή άγγιζε τις σχέσεις της Κύπρου με τη Συρία, το Ιράν και με όλο το Μουσουλμανικό κόσμο, καθώς και επειδή έδειξαν μεγάλο ενδιαφέρον αρκετά μόνιμα μέλη του Συμβουλίου Ασφαλείας», όπως η Ρωσία, οι ΗΠΑ και η Βρετανία.
Είναι δύο από τα βασικά σημεία της κατάθεσης ενώπιον του Μόνιμου Κακουργιοδικείου στη Λάρνακα, του Γενικού Διευθυντή του υπουργείου Εξωτερικών από το 2008 έως το 2011, Νικόλα Αιμιλίου.
Ο μάρτυρας είπε ότι ελάμβανε οδηγίες από τον Υπουργό Εξωτερικών, αλλά σε καμία περίπτωση δεν είχα προσωπική συνάντηση με τον Πρόεδρο της Δημοκρατίας. Ο ρόλος του υπουργείου, είπε, σταμάτησε από τη στιγμή που λήφθηκε η απόφαση για εκφόρτωση του πλοίου στην Κύπρο σε σύσκεψη υπό τον Πρόεδρο της Δημοκρατίας . Η μόνη εμπλοκή του Υπουργείου ήταν να αποστείλει στην Επιτροπή Κυρώσεων του Συμβουλίου Ασφαλείας του ΟΗΕ, καταγραφή με το περιεχόμενο των τριών εμπορευματοκιβωτίων τα οποία επιθεωρήθηκαν όταν κατέβηκαν από το πλοίο, αφού δεν έγινε κατορθωτό, λόγω της τοποθέτησης τους να επιθεωρηθούν όταν βρίσκονταν πάνω σ’ αυτό.
«Ο Πρόεδρος της Δημοκρατίας έδωσε οδηγίες στον Υπουργό Εξωτερικών και τον ενημέρωσε όπως το στάτους κβο του πλοίου μείνει ως έχει μέχρι τον Οκτώβριο, αφού ο Πρόεδρος θα απουσίαζε από την Κύπρο το Σεπτέμβριο».
Μιλώντας συγκεκριμένα για τη σύσκεψη που έγινε στις 6 Αυγούστου 2009 στο υπουργείο, ο κ. Αιμιλίου, υποστήριξε ότι μετέφερε στους παρευρισκόμενους την επιθυμία του Δημήτρη Χριστόφια για παραμονή του στάτους κβο του φορτίου ως είχε… Τότε, φανερά εκνευρισμένος ο Γενικός Εισαγγελέας Πέτρος Κληρίδης, διαμαρτυρήθηκε … «τι μας φέρετε εδώ, αφού αυτή είναι η επιθυμία του Προέδρου της Δημοκρατίας και θα πρέπει να γίνει αυτό που θέλει ο Πρόεδρος». Ο μάρτυρας πρόσθεσε ότι «ο Γενικός Διευθυντής του ΥΠΑΜ Πέτρος Καρεκλάς ανέφερε τη θέση του Υπουργείου για τη δυσκολία φρούρησης του φορτίου. Η αίσθηση μου ήταν ότι θα έπρεπε σε κάποια στιγμή να αποφασιστεί η τελική τύχη του φορτίου δεδομένου ότι οι στρατιωτικοί ανέφεραν ότι το υλικό δεν ήταν χρησιμοποιήσιμο για την Εθνική Φρουρά» .
Ως προς τη σύσκεψη του Φεβρουαρίου 2011, ο κ Αιμιλίου είπε ότι ο Υπουργός Εξωτερικών δεν είχε καμία σχέση με το φορτίο, ότι για το φορτίο δεν υπήρχε απόφαση από το Υπουργικό Συμβούλιο για αρμοδιότητα ή ανάληψη ευθύνης από το ΥΠΕΞ και ότι «η απόφαση για κατάσχεση του φορτίου λήφθηκε σε επίπεδο με τη συμμετοχή του Προέδρου της Δημοκρατίας».
Σε ερώτηση κατά πόσον είτε το ΥΠΕΞ είτε ο Μάρκος Κυπριανού είχαν δικαίωμα να αποφασίσουν για εκποίηση ή καταστροφή του φορτίου, ο κ. Αιμιλίου απάντησε πως «πολιτικά από τη στιγμή που η απόφαση λήφθηκε με την σύμπραξη του Προέδρου της Δημοκρατίας και ενδιέφερε τον ΠτΔ, σίγουρα για οποιαδήποτε απόφαση θα έπρεπε να ενημερωθεί και να συναινέσει ο ΠτΔ».
Ο κ. Αιμιλίου ανέφερε επίσης ότι οι επιστολές του Υπουργείου Άμυνας προς το Εξωτερικών δεν ανέφεραν ρητά κινδύνους από το φορτίο .Σε ερώτηση εάν η Κύπρος μπορούσε να αρνηθεί την κατακράτηση του φορτίου, ο κ. Αιμιλίου απάντησε πως «από τη στιγμή που εμείς επικαλούμαστε τις αποφάσεις του Σ.Α. του ΟΗΕ για το εθνικό μας θέμα δεν θα μπορούσαμε να αγνοήσουμε τις αποφάσεις για άλλα θέματα. Ήταν νομική υποχρέωση του κράτους για συμμόρφωση με τις αποφάσεις του Συμβουλίου Ασφαλείας».