Πέθανε σε ηλικία 50 χρόνων, από καρκίνο.
Σε ομιλία που πραγματοποίησε στην Αλεξανδρινή Βιβλιοθήκη, ο διευθυντής του Μουσείου Αρχαιοτήτων της Αλεξανδρινής Βιβλιοθήκης Χουσεΐν Άμπντελ Μπασίρ, παρουσιάστηκαν πολύ ενδιαφέροντα στοιχεία για την εμβληματική Βασίλισσα της αρχαίας Αγύπτου, Χατσεψούτ
Ο επικεφαλής του Κέντρου Αιγυπτιολογίας, ανέφερε ότι, η διάσημη αυτή βασίλισσα της αρχαίας Αιγύπτου έπασχε από διαβήτη και τελικά πέθανε αφού την κτύπησε ο καρκίνος, στην ηλικία των 50 ετών, έχοντας όμως ήδη προλάβει να βασιλέψει για είκοσι χρόνια το ισχυρότερο βασίλειο εκείνης της εποχής, τον 15ο αιώνα π.Χ.
Μάλιστα, μέσα από την ομιλία, αποκαλύπτεται ότι η Χατσεψούτ, από τότε που αυτοανακηρύχθηκε Φαραώ της Αιγύπτου, άρχισε να ντύνεται ως άντρας Φαραώ και να έχει ακόμη και αντρικό παρουσιαστικό.
Σύμφωνα με τη μελέτη, η Χατσεψούτ ήθελε να δείξει περισσότερο ότι οι Φαραώ δεν ήταν απλά άντρες, αλλά άνθρωποι.
Και αυτήν ακριβώς την ανθρωπιά την έκανε η ίδια πράξη, τόνισε ο κ. Μπασίρ, καθώς κυβέρνησε ειρηνικά, έκανε πολλά έργα και άφησε πολλούς ναούς και μνημεία πίσω της, αναβαθμίζοντας και την οικονομική κατάσταση της χώρας της.
Η Βασίλισσα Χατσεψούτ πέθανε το 1458 π.Χ.
Ο θετός γιος της, ο Τούθμοσι ο Γ΄ κατέστρεψε σχεδόν ό,τι εκείνη είχε προλάβει να δημιουργήσει.
Η Χατσεψούτ έμεινε όμως στην ιστορία ως μία από τις σημαντικότερες βασίλισσες της Αιγύπτου.