Με τις ψήφους του ΣΥΡΙΖΑ, της Δημοκρατικής Συμπαράταξης, του Ποταμιού, του ΚΚΕ αλλά και της Νέας Δημοκρατίας υπερψηφίστηκε τελικά η διάταξη που αφορά στη λειτουργία του τζαμιού στον Βοτανικό η οποία είχε ενσωματωθεί στο νομοσχέδιο του Υπουργείου Παιδείας για την επιλογή σχολικών διευθυντών.
Η Νέα Δημοκρατία άλλαξε στάση μετά την κίνηση του αρμόδιου Υπουργού Κώστα Γαβρόγλου να αποσύρει την «ομιχλώδη» παράγραφο που άφηνε ανοικτή τη χρηματοδότηση του Τεμένους και από πηγές της αλλοδαπής. Είχε προηγηθεί η έντονη κριτική του Κυριάκου Μητσοτάκη ο οποίος ζήτησε να διασφαλιστεί ο κρατικός έλεγχος για τις πηγές χρηματοδότησης του Τεμένους. Ο πρόεδρος της Νέας Δημοκρατίας τόνισε ότι η διάταξη μπορεί να χρησιμοποιηθεί από νομικά πρόσωπα της αλλοδαπής, σημειώνοντας πως «πρέπει απολύτως να είμαστε σίγουροι ότι θα διασφαλιστεί η πηγή και η προέλευση των χρημάτων για τη λειτουργία του τεμένους». Μάλιστα ο κ. Μητσοτάκης χαρακτήρισε «φάρσα» το γεγονός ότι ο κυβερνητικός εταίρος, οι ΑΝΕΛ, καταψηφίζουν το επίμαχο άρθρο που αφορά τη λειτουργία του τεμένους παρά το γεγονός ότι φέρει την υπογραφή του αρμόδιου υφυπουργού Κώστα Ζουράρι.
«Αποσύρω την παράγραφο 2 του άρθρου 5 και παρακαλώ τα κόμματα να βρούμε μία κοινή διατύπωση ώστε να μην υπάρχει πρόβλημα με τη διάταξη», ήταν η απάντηση του υπουργού παιδείας. «Έχει σημασία η οικοδόμηση και λειτουργία του Τεμένους, η οικοδόμηση του δεν ταυτίζεται με την λειτουργία του, πρέπει να δείξουμε πολιτική και κοινωνική ωριμότητα όταν έχουμε τόσο κόσμο και στην Αττική και στη χώρα που είναι μουσουλμάνοι» τόνισε ο κ. Γαβρόγλου και κάλεσε όλα τα κόμματα «να εκφράσουν την βούληση τους, ώστε να λυθεί το θέμα του Μουσουλμανικού νεκροταφείου στο Σχιστό».
Λίγη ώρα αργότερα κύκλοι της Νέας Δημοκρατίας επεσήμαιναν πως «η παρέμβαση του προέδρου της ΝΔ για το καθεστώς χρηματοδότησης του τεμένους, υπήρξε καταλυτική, προστάτευσαμε τη διαδικασία και πλέον θα πάμε σε ένα πλαίσιο ξεκάθαρο, που θα προστατεύει πλήρως τις συναλλαγές». Το νομοσχέδιο υπερψηφίστηκε επί της αρχής μόνον από τα κόμματα της κυβερνητικής πλειοψηφίας.